Une variante de coronavirus découverte pour la première fois en Grande-Bretagne se propage maintenant rapidement aux États-Unis

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Une variante plus contagieuse du coronavirus découverte pour la première fois en Grande-Bretagne se propage rapidement aux États-Unis, doublant environ tous les 10 jours, selon un nouveau étude.

En analysant un demi-million de tests de coronavirus et des centaines de génomes, une équipe de chercheurs a prédit que dans un mois cette variante pourrait devenir prédominante aux États-Unis, entraînant potentiellement une flambée de nouveaux cas et un risque accru de décès.

La nouvelle recherche offre le premier regard national sur l’histoire de la variante, connu sous le nom de B.1.1.7, depuis son arrivée aux États-Unis fin 2020. Le mois dernier, les Centers for Disease Control and Prevention averti que B.1.1.7 pourrait devenir prédominant d’ici mars s’il se comportait comme il l’a fait en Grande-Bretagne. La nouvelle étude confirme cette trajectoire projetée.

« Rien dans cet article n’est surprenant, mais les gens ont besoin de le voir », a déclaré Kristian Andersen, co-auteur de l’étude et virologue au Scripps Research Institute de La Jolla, en Californie. « Nous devrions probablement nous préparer à ce que lignage prédominant dans la plupart des endroits aux États-Unis en mars. »

L’équipe du Dr Andersen a estimé que le taux de transmission de B.1.1.7 aux États-Unis est de 30 à 40% plus élevé que celui des variantes les plus courantes, bien que ces chiffres puissent augmenter à mesure que davantage de données arrivent, a-t-il déclaré. La variante a déjà été impliquée dans des surtensions dans d’autres pays, dont l’Irlande, le Portugal et la Jordanie.

«Une situation très grave pourrait en effet se développer en quelques mois ou semaines», a déclaré Nicholas Davies, épidémiologiste à la London School of Hygiene and Tropical Medicine qui n’a pas participé à l’étude. «Il peut s’agir de signaux précoces justifiant une enquête urgente des autorités de santé publique.

Le Dr Davies a averti que les données américaines sont plus inégales que celles de la Grande-Bretagne et d’autres pays systèmes nationaux de surveillance des variantes. Pourtant, il a trouvé les résultats de certaines régions des États-Unis particulièrement inquiétants. En Floride, où la nouvelle étude indique que la variante se propage particulièrement rapidement, le Dr Davies craint qu’une nouvelle poussée ne frappe encore plus tôt que le reste du pays.

«Si ces données sont représentatives, il se peut que le temps d’agir soit limité», a-t-il déclaré.

Dr Andersen et ses collègues a publié leur étude en ligne le dimanche. Il n’a pas encore été publié dans une revue scientifique.

Lorsque le gouvernement britannique a annoncé la découverte de B.1.1.7 le 20 décembre, le Dr Andersen et d’autres chercheurs aux États-Unis ont commencé à le rechercher dans des échantillons de coronavirus américains. Le premier cas est apparu le 29 décembre dans le Colorado, et le Dr Andersen en a trouvé un autre peu après à San Diego. En peu de temps, il a été repéré dans de nombreuses autres régions du pays.

Mais il était difficile de déterminer à quel point la variante était répandue. B.1.1.7 contient un ensemble distinctif de 23 mutations dispersés dans un génome de 30000 lettres génétiques. La meilleure façon de déterminer si un virus appartient à la lignée B.1.1.7 est de séquencer tout son génome – un processus qui ne peut être effectué qu’avec des machines spéciales.

Le CDC a passé un contrat avec Helix, une société de test en laboratoire, pour examiner leurs échantillons de Covid-19 pour détecter les signes de B.1.1.7. La variante peut donner un résultat négatif sur l’un des trois tests qu’Helix utilise pour trouver le coronavirus. Pour une analyse plus approfondie, Helix a envoyé ces échantillons suspects à Illumina pour que leurs génomes soient séquencés. Le mois dernier, Helix a contacté le Dr Andersen et ses collègues pour les aider à analyser les données.

En analysant 212 génomes américains B.1.1.7, l’équipe du Dr Andersen a conclu que le variant est probablement arrivé pour la première fois aux États-Unis fin novembre, un mois avant sa détection.

La variante a été introduite séparément dans le pays au moins huit fois, probablement à la suite de personnes voyageant aux États-Unis depuis la Grande-Bretagne entre Thanksgiving et Noël.

Les chercheurs ont combiné les données du séquençage du génome avec les résultats globaux des tests d’Helix pour obtenir une estimation de la rapidité avec laquelle le variant s’était propagé. Elle est devenue exponentiellement plus courante au cours des deux derniers mois.

En Floride, les scientifiques estiment que plus de 4 pour cent des cas sont maintenant causés par B.1.1.7. Le chiffre national peut être de 1 ou 2%, selon les calculs de son équipe.

Si c’est vrai, alors un millier de personnes ou plus peuvent être infectées par la variante chaque jour. Le CDC a enregistré seulement 611 cas B.1.1.7, attestant l’insuffisance surveillance génomique du pays.

Dans les régions du pays où Helix ne fait pas beaucoup de tests, il sous-estime probablement la propagation, a averti le Dr Andersen. «Je peux vous garantir qu’il y a des endroits où B.1.1.7 pourrait être relativement répandu maintenant que nous ne reprendrions pas», a-t-il déclaré.

«Il nous reste encore beaucoup à apprendre», a déclaré Nathan Grubaugh, virologue à l’Université de Yale qui n’a pas participé à l’étude. «Mais ces choses sont suffisamment importantes pour que nous devions commencer à faire les choses maintenant.»

Il est possible que les chaînes de transmission B.1.1.7 se propagent plus rapidement que les autres virus. Ou il se peut que le B.1.1.7 soit plus courant chez les voyageurs entrants qui commencent de nouvelles flambées.

«Je pense toujours que nous sommes dans des semaines pour vraiment savoir comment cela va se passer», a déclaré le Dr Grubaugh.

La contagiosité de B.1.1.7 en fait une menace à prendre au sérieux. Les mesures de santé publique qui fonctionnent sur d’autres variantes peuvent ne pas être suffisantes pour arrêter B.1.1.7. Plus de cas aux États-Unis signifieraient plus d’hospitalisations, ce qui pourrait mettre à rude épreuve les hôpitaux qui ne se remettent que maintenant d’un nombre record de patients le mois dernier.

Pour aggraver les choses, le Dr Davies et ses collègues de la London School of Hygiene and Tropical Medicine a publié une étude en ligne mercredi, suggérant que le risque de mourir de B.1.1.7 est 35 pour cent plus élevé que pour les autres variantes. L’étude n’a pas encore été publiée dans une revue scientifique.

Les communautés peuvent prendre des mesures pour lutter contre des variantes telles que B.1.1.7, comme le Dr Grubaugh et ses collègues de l’Université de Yale récemment décrit dans la revue Cell. Par exemple, ont-ils déclaré, les responsables de la santé devraient renforcer les messages sur le port de masques efficaces, éviter les grands rassemblements et s’assurer que les espaces intérieurs sont bien ventilés.

Les scientifiques ont également exhorté les gouvernements à exiger un congé de maladie pour les personnes diagnostiquées avec Covid-19 pour arrêter la propagation sur le lieu de travail. «De telles mesures pourraient contribuer à réduire considérablement la transmission communautaire», ont écrit le Dr Grubaugh et ses co-auteurs.

Les vaccinations peuvent également faire partie de la stratégie de lutte contre B.1.1.7. En Israël, où la variante est désormais prédominante, les nouveaux cas, les maladies graves et les hospitalisations ont déjà considérablement baissé chez les personnes de plus de 65 ans, un groupe qui a reçu la priorité absolue pour les vaccins.

«Ce que nous devons faire avec les vaccins actuels, c’est les amener à autant de personnes que possible le plus rapidement possible», a déclaré le Dr Andersen.

Réduire B.1.1.7 réduira également le risque que la variante évolue vers quelque chose d’encore pire. Déjà en Grande-Bretagne, des chercheurs ont trouvé des échantillons de B.1.1.7 qui ont acquis une nouvelle mutation avec le potentiel de rendre les vaccins moins efficaces. Il n’est pas clair si ces virus deviendront courants. Mais ils démontrent que le coronavirus a encore beaucoup d’espace évolutif à explorer.

«Nous devrions nous attendre à ce qu’ils surgissent ici», a déclaré le Dr Andersen. «Ce qui était vrai ailleurs le sera aussi ici, et nous devons y faire face.»

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