Le détective des maladies – The New York Times

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La méningite en elle-même n’est pas une maladie, juste une description signifiant que les tissus autour du cerveau et de la moelle épinière sont devenus enflammés. Aux États-Unis, les infections bactériennes peuvent provoquer une méningite, tout comme les entérovirus, les oreillons et l’herpès simplex. Mais une proportion élevée de cas n’ont, comme le disent les médecins, aucune étiologie connue : personne ne sait pourquoi le cerveau et les tissus rachidiens du patient gonflent.

Ce fut le cas avec l’épidémie de Dhaka. Le CHRF est l’un des premiers laboratoires de microbiologie en Asie du Sud-Est et est chargé du suivi de la méningite dans le pays pour l’Organisation mondiale de la santé. « Chaque cas de méningite qui se présente, nous cultivons », m’a dit Saha. « Nous effectuons des tests antigéniques pour le pneumocoque, Neisseria meningitidis, Hemophilus influenzae et GBS », ou streptocoque du groupe B – les quatre infections les plus susceptibles de provoquer une méningite. «Ensuite, nous effectuons un test beaucoup plus sensible et spécifique pour la bactérie Streptococcus pneumoniae, car cela provoque la plus forte proportion de cas. Et puis nous effectuons également une PCR en temps réel à la recherche de fragments d’ADN de l’un de ces agents pathogènes. »

Lorsque l’épidémie a commencé, on a supposé que la cause serait à nouveau bactérienne, mais aucun des tests n’a pu identifier un agent pathogène. Au cours de l’année suivante, Saha a travaillé pour résoudre le mystère, parfois en collaboration avec d’autres laboratoires. Un partenariat, avec une organisation en Chine, s’est effondré lorsque le groupe n’a pas voulu partager ses techniques. Un autre groupe de chercheurs, au Canada, a effectué ses propres tests sur les échantillons de méningite, mais n’a pas pu déterminer la cause non plus. Peu de temps après, Saha a assisté à une conférence au British Museum, où elle a donné une présentation intitulée « Le côté obscur de la méningite ». « C’était un discours négatif », se souvient Saha. « Comme : Pourquoi tout le monde ne parle-t-il que des cas réussis ? Nous devons parler des milliers de cas chaque année où nous n’avons aucune idée de la cause de la maladie. »

Avant de rencontrer DeRisi, Saha était sceptique quant à une autre collaboration. Mais les deux se sont immédiatement entendus. Bien que DeRisi puisse être impatient, Saha aimait être direct et appréciait que son «éthique soit très forte. Dans sa tête, il est genre : C’est juste; c’est faux; c’est ce que je vais faire.» Pourtant, elle procéda prudemment. « Parce qu’IDseq était nouveau, et parce que je suis très méticuleux, j’ai inclus beaucoup de contrôles », m’a-t-elle dit. Sur les 97 échantillons de liquide céphalo-rachidien, seulement 25 provenaient de cas réels de méningite mystérieuse. Le reste provenait soit de cas pour lesquels le laboratoire de Saha avait déjà identifié la cause, soit n’était pas du tout une méningite. Plusieurs étaient simplement de l’eau. « L’idée était que tous ces éléments seraient testés et que le processus serait aveuglé », explique Saha. « Parce que je devais voir si la plate-forme fonctionnait ou non. »

Lorsque Saha et son équipe ont analysé les échantillons mystérieux de méningite via IDseq, le résultat a été surprenant. Plutôt que de révéler une cause bactérienne, comme prévu, un tiers des échantillons ont montré des signes du virus chikungunya – en particulier, une souche neuroinvasive qui était considérée comme extrêmement rare. « Au début, nous pensions, CA ne peut pas être vrai!», se souvient Saha. «Mais au moment où Joe et moi avons réalisé qu’il s’agissait de chikungunya, je suis retourné et j’ai regardé les 200 autres échantillons que nous avions collectés à peu près au même moment. Et nous avons également trouvé le virus dans certains de ces échantillons. »

Jusqu’à récemment, le chikungunya était une maladie relativement rare, présente principalement dans certaines parties de l’Afrique centrale et orientale. « Ensuite, il a juste explosé à travers les Caraïbes et l’Afrique et à travers l’Asie du Sud-Est en Inde et au Bangladesh », m’a dit DeRisi. En 2011, aucun cas de chikungunya n’a été signalé en Amérique latine. En 2014, ils étaient un million.

Le chikungunya ordinaire peut causer des dommages neurologiques durables et des douleurs articulaires à vie. DeRisi a qualifié la maladie de « extrêmement dévastatrice » et a noté que le chikungunya, dans la langue Kimakonde, parlée en Tanzanie, signifie « se contorsionner ». Mais une version neuroinvasive qui causait des lésions cérébrales et affectait principalement les enfants et les nourrissons était particulièrement alarmante.

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